Extraction and purification of RNA from human carious dentine: an approach to enable bacterial gene expression studies
DOI:
https://doi.org/10.12662/2317-3076jhbs.v7i2.2562.p145-151.2019Palabras clave:
Dentine Caries, RNA Extraction, Gene Expression, Streptococcus mutansResumen
Background: RNA isolation from bacteria within dentine caries lesions could be difficult due to reduced amount of collectable biomass and high mRNA instability. Attempting to overcome this challenge we describe one protocol developed to extract and purify total RNA from dentine lesions. Objective: customize a bacterial RNA extraction and purification method from human carious dentine. Methods: quantity and purity of extracted RNA were measured with a microvolume UV-VIS spectrophotometer, RNA integrity was assessed by standard denaturing agarose gel electrophoresis and images were captured under ultraviolet light with camera and analyzed. DNase treatment removed genomic DNA and an additional step of purification was carried out in silica spin column. Results: final yield (ng/μl) was 67.01 ± 22.33, absorbance ratio A260/A280 = 2.0 ± 0.07 and RNA integrity were obtained. The purified samples were reversely transcribed and the expression of atpD and fabM gene from Streptococcus mutans analyzed by quantitative real-time PCR. Conclusion: the extraction methodology developed produced high-quality RNA from dentine microbiota for transcriptional analysis.
Descargas
Descargas
Publicado
Cómo citar
Número
Sección
Licencia
Autores que publican en esta revista acepta los siguientes términos:
- Autores retienen el copyright y otorguen el diario el derecho de la primera publicación, con el trabajo simultáneamente licenciado bajo la licencia Creative Commons que permite compartir el trabajo con reconocimiento de autoría y publicación inicial en este diario.
- Permite que los autores asumir contratos adicionales por separado, para su distribución no exclusiva de la obra publicada en esta versión de diario (ej.: publicar en Repositorio institucional o como un capítulo del libro), con el reconocimiento de autoría y publicación inicial en este diario.
- Autores se permite y se anima a publicar y distribuir su trabajo en línea (por ejemplo, en repositorios institucionales o en tu página personal) en cualquier momento antes o durante el proceso editorial, ya que esto puede generar cambios productivos, así como aumentar el impacto y la citación de trabajos publicados (ver el efecto del acceso abierto).