Spike(s) protein gene microevolution of SARS CoV-2 virus in Bolivian Population

correlation between phylogeny and contagion waves

Resumen

Antecedentes: El virus SARS-CoV-2 ha causado la muerte de un número significativo de personas a nivel mundial. El Estado Plurinacional de Bolivia enfrentó seis olas de contagio con las variantes predominantes 20B (B.1.1), 20B (B.1.1) y 20I (Alpha, V1, B1.1.7), 20J (Gamma, V3, P.1), 21K (Omicron, BA.1) y 21A (Delta, B.1.617.2), 22B (Omicron, BA.5) y 22E (Omicron, BQ.1), registradas por la OMS hasta el 1 de agosto de 2023, con un total de 1.206.420 casos de infección y 22.399 fallecidos. Métodos: Se secuenciaron mediante secuenciación Sanger tres muestras de SARS-CoV-2 obtenidas por hisopado nasofaríngeo de pacientes COVID-19 positivos. Se descargaron de GISAID 488 secuencias del SARS-CoV-2 boliviano hasta el 25 de septiembre de 2023. Se analizó la estructura genética y la filogenia para luego correlacionar la presencia de las diferentes variantes con las olas de contagio. Resultados: Se obtuvieron 3 secuencias de 623pb, 1557pb y 3060pb del gen S, esta última se analizó con las secuencias descargadas de GISAID, obteniendo un árbol filogenético y una red de haplogrupos que revelaron la formación de clados y nodos que dieron origen a variantes de las seis olas que enfrentaron los habitantes bolivianos. Se identificó como nueva la mutación Y508S, ya que no se encontraba identificada en las bases de datos CoVariants® y CoV-Glue®. Conclusiones: La filogenia, red de haplogrupos y coeficiente de correlación de Person revelaron la existencia de una correlación positiva entre la microevolución del fragmento analizado y la aparición de las diferentes olas de contagio.